هدف از اجرای اصول پدافند غیر عامل در حوزه نظام سلامت، رعایت اصول پیشگیری و کاهش خسارات و آسیب پذیری به تاسیسات، تجهیزات، نیروهای انسانی و سرمایه های موجود در مراکز خدمات جامع سلامت و مراکز بهداشتی و درمانی است. این خسارات که در اثر وقوع بحران ها، تهدیدات و تهاجم دشمنان داخلی و خارجی ایجاد و تشدید می شوند، باعث بروز مشکلات مهم در ارائه خدمات نظام سلامت شده و جهت استمرار ارائه خدمات بهداشت و درمان و سایر وظایف محوله به نظام سلامت، رعایت اصول پدافند غیر عامل و مدیریت خطر بلایا بسیار ضروری و لازم است.